هو أحد مساجد منطقة المُصلّى،وهو أحد المواضع التي صلّى فيها الرسول صلَّى الله عليه وسلَّم صلاة العيدين، وسُّمي بهذا الإسم؛ لأن سيدنا علي رضي الله عنه، صلّى بهذا الموضع في فترة حصار سيدنا عثمان بن عفان رضي الله عنه.

وأول بناء للمسجد كان في عصر الدولة الأموية، أثناء ولاية عمر بن عبدالعزيز للمدينة المنورة (87 – 93 هـ)، كما هو معروف بالمساجد العُمرية، حيث تتبع مواضع صلاة النبي صلَّى الله عليه وسلَّم، أو أحداث كان له دور فيها، وقد أقام نحو 80 مسجد وعُرفت بالمساجد العُمرية.

وتمت إعادة بناءه كما نراه اليوم، في عهد قاتيباي عام 881 هـ، ثم أعيد تجديده مع عمارة المسجد النبوي الشريف بالعمارة المجيدية.

وفي عام 1411 أثناء توسعة المسجد النبوي الشريف في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز آل سعود، وبناء نفق الخدمات للمسجد النبوي الشريف، تعرض مسجد علي بن أبي طالب لمشاكل تسببت في إزالة المبنى بالكامل، وإعادة بناءه مرة أخرى على نمط أسلوب تصميمه.

ساعات العمل: المسجد مغلق لإعادة التطوير والتأهيل.